1997年爆发的亚洲金融危机对印尼造成全面冲击，引起局势动荡。1998年5月，执政长达32年的苏哈托总统辞职，副总统哈比比接任总统。1999年10月，印尼人民协商会议（简称“人协”）选举瓦希德为总统，梅加瓦蒂为副总统。2001年7月23日，人协特别会议以渎职罪罢免瓦希德总统职务，梅加瓦蒂接任总统，哈姆扎·哈兹任副总统。2004年7月印尼举行历史上首次总统直选，梅加瓦蒂内阁政治安全统筹部长苏希洛·班邦·尤多约诺和人民福利统筹部长尤素夫·卡拉通过两轮直选当选总统和副总统，10月20日宣誓就职，任期至2009年10月。2009年7月，印尼举行总统大选，苏希洛和央行行长布迪约诺获得60.8%的选票，当选正、副总统，将于10月就任。

    苏希洛政府把国家安全、经济建设以及反腐倡廉确立为施政重点，致力于解决地方分离主义问题，加强国际反恐合作；实行更为开放的经济政策，大力吸引外资刺激经济复苏；对政府官员财产收入加强监督，努力创建廉洁政府。

    2002年至2005年，印尼曾发生巴厘岛爆炸、雅加达万豪酒店爆炸、澳大利亚驻雅加达使馆爆炸等重大恐怖袭击事件。2009年7月，雅加达万豪酒店和里兹·卡尔顿酒店发生爆炸，印尼政府采取措施坚决打击恐怖主义。

    【宪 法】 现行宪法为《“四五”宪法》，1945年8月18日颁布实施，1949年12月和1950年8月先后为《印尼联邦共和国宪法》和《印尼共和国临时宪法》替代，1957年7月5日恢复实行。1999年10月至2002年8月先后通过四个修正案。宪法规定，印尼为单一的共和制国家，“信仰神道、人道主义、民族主义、民主和社会公正”是建国五项基本原则（简称“潘查希拉”）。实行总统制，总统为国家元首、行政首脑和武装部队最高统帅。2004年起，总统和副总统不再由人民协商会议选举产生，改由全民直选，只能连选连任一次，每任五年。总统任命内阁，但需征得国会同意。

    【人 协】 全称人民协商会议。国家立法机构，由人民代表会议（国会）和地方代表理事会共同组成，负责制定、修改和颁布宪法及国家大政方针，并对总统进行监督。如总统违宪，有权弹劾罢免总统。每五年换届选举。

    【国 会】 全称人民代表会议。国家立法机构，行使除修宪和制定国家大政方针之外的一般立法权。国会无权解除总统职务，总统也不能宣布解散国会；但如总统违反宪法，国会有权建议人协追究总统责任。

    【司法机构】 实行三权分立，最高法院和最高检察院独立于立法和行政机构。最高法院正副院长由国会提名，总统任命。最高检察长由总统任免。

    【政 党】 1975年政党法只允许三个政党存在，即专业集团、印尼民主党、建设团结党。1998年5月解除党禁。1999年1月28日新政党法规定，50名以上年满21岁的公民只要遵循“不宣传共产主义，不接收外国资金援助，不向外国提供有损于本国利益的情报，不从事有损于印尼友好国家的行为”的原则，便可成立政党。1999年大选中，梅加瓦蒂总统领导的民主斗争党赢得大选，与其它几个主要政党联合执政。2004年大选中，专业集团党赢得127个议席，成为国会第一大党。2009年大选中，苏希洛创立的民主党赢得大选。